蛋白质序列之主成分分析

用蛋白质序列做PCA分析,我用过两种办法:Wang的方法1)和Konishi方法2)。

有一定基础的自己参考参考文献很容易就能够完成。如果需要详细的教程,可以给我发邮件,我再把详细代码放在本页。


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1)
Wang, B., and Kennedy, M.A. (2014). Principal components analysis of protein sequence clusters. J Struct Funct Genomics 15, 1-11.
2)
Konishi, T., Matsukuma, S., Fuji, H., Nakamura, D., Satou, N., and Okano, K. (2019). Principal Component Analysis applied directly to Sequence Matrix. SCI REP-UK 9, 19297.