RNA测序根据建库过程是否能够保留原始RNA序列方向的信息，分为链特异RNA测序(Stranded RNA-seq)和非链特异RNA测序(Unstranded RNA-seq)。
猜测一个测序数据的链特异信息，可以使用RSeQC软件包的infer_experiment.py程序，结果表示方式如下：
| 测序策略 | 表示方法 | 意义 | 对应建库策略 | 结果判断 |
|---|---|---|---|---|
| 双端测序 (Pair-end, PE) | 1++,1--,2+-,2-+ | Read1比对到+链而源基因在+链, Read1比对到-链而源基因在-链, Read2比对到+链而源基因在-链, Read2比对到-链而源基因在+链 | Second Strand Library (SF) | 两种Reads比例接近，则为非链特异建库，如果本身是链特异建库的，则说明什么地方出错了。 如果某一个比例远高于另一个，则说明是相应的建库策略。 |
| 1+-,1-+,2++,2-- | Read1比对到+链而源基因在-链, Read1比对到+链而源基因在-链, Read2比对到+链而源基因在+链, Read2比对到-链而源基因在-链 | First Strand Library (SR) | ||
| 单端测序 (Single-end, SE) | ++,-- | Read比对到+链而源基因在+链, Read1比对到-链而源基因在-链 | Second Strand Library (SF) | 两种Reads比例接近，则为非链特异建库，如果本身是链特异建库的，则说明什么地方出错了。 如果某一个比例远高于另一个，则说明是相应的建库策略。 |
| +-,-+ | Read比对到+链而源基因在-链, Read1比对到-链而源基因在+链 | First Strand Library (SR) |
| 测序与建库策略 | Infer Experiment | HISAT2 (--rna-strandness参数) | featureCounts (-s参数) | StringTie (选项) |
|---|---|---|---|---|
| PE-SF | 1++,1--,2+-,2-+ | FR | 1 (stranded) | --fr |
| PE-SR | 1+-,1-+,2++,2-- | RF | 2 (reversely stranded) | --rf |
| SE-SF | ++,-- | F | 1 (stranded) | --fr |
| SE-SR | +-,-+ | R | 2 (reversely stranded) | --rf |
| PE/SE, Unstranded | default (unstranded) | 0 (unstranded) | 不设置 |
更多信息可参照rnabio.org网站1)上的Strand Settings一节。
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