文献检索与阅读

荀子曰：“吾尝终日而思矣，不如须臾之所学也；吾尝跂而望矣，不如登高之博见也。”要想登高博见，首先就需要检索文献。

对于刚开始科研之路的同学们，需要具备文献检索的基本功，也需要有文献检索的基本意识。 也就是当自己有个想法或者想要做某个实验的时候，首先要意识到去检索文献看看现有的进展，而且需要具备快速摸清的能力。

先读第一节 文献检索与阅读的王老师方法看看我一般是怎么做的，然后再读第二节 文献检索与阅读的文献检索与阅读看看这个方法本身可以怎么用来学习这个方法本身。

如果一开始了解信息非常少，可以直接用现有的关键词进行搜索，使用Bing等等搜索引擎，这比学术搜索引擎更能够方便快捷地得到基本的信息，得到同一个概念的不同说法。先做一些初略了解，积累更多的专业词汇。比如知道中文关键词，这样能够搜索得到英文的叫法。比如“细胞衰老”这个词汇，通过搜索很快就能发现有“cellular senescence”与之对应，通过cellular senescence就能够在PubMed搜索得到大量专业的文献。

当知道英文专业词汇的时候，对于医学、生物学文献，常到PubMed搜索，对整个领域有个初步的了解。如果能够上Web of Science数据库，到Web of Science去搜索。

需要深入了解，可以上学术搜索，比如必应学术、百度学术等，通过收集到的关键词搜索，然后看看引用关键文献的文献，然后慢慢扩大自己的认知范围，最终网罗所有的文献。对于文献阅读，则根据自己的能力水平和阅读的目的而定。 如果需要对一个小领域的文献进行系统地检索和阅读。可能需要经过许多轮的检索-阅读。

一个非常非常重要的去处是学校图书馆网页，能找到一些数据库，比如SinoMed、中知网、本地PubMed数据库、Web of Science数据库的连接，这些数据库可能需要在学校IP范围才能访问。对于没法下载到全文的，如果的确值得阅读全文，可以通过外文检索全文传递系统获取全文。

这时候就要借助文献管理软件了，我用的NoteExpress, 很多学校有相应的集团版,也可以试试其它文献管理软件¹⁾。 NoteExpress可以直接连接到PubMed、Web of Science - 核心合集等等的数据库进行搜索，将标题、摘要等等的信息下载下来，而且软件中还有期刊的影响因子。
借助软件，使用关键词对不同的数据库进行检索，把所有的文献信息下载下来，去除重复。根据影响因子、年份对文献进行排序，从新的、影响因子高的看起，通过标题和摘要，能够快速地把和自己感兴趣的问题相关的条目选出来。优先关注的文献有：

1. 【文章类型】为Review（综述）的，有助于快速有比较系统的了解相关的领域
2. 最新的文章，最新的文章Introduction部分一般都会对相关的领域的背景有个介绍

优先看期刊影响因子比较高，这时候鉴别能力有限，从影响因子高的杂志入手，读到好文章的概率就要大一些。

注：有时候用NoteExpress下载PubMed题录比较慢，可以到PubMed网页去搜索导出之后再导入到NoteExpress。

通过第一轮文章的阅读，可以找到更多的文献，从而获取更大的范围，包括如下的：

1. 第一轮中选出的文献所引用的文献，这样能够快速抓起一个文献网
2. 引用这些文献的文献，可以使用学术搜索引擎，找到引用这些文章的文章
3. NCBI上列出的一些相关的文章
4. 牛逼的作者的其它文章，其中有些是相关的，很多研究者的领域是很恒定的，通过作者线索也能看出历史传承
5. 新的关键词进行搜索得到的文章

慢慢地，你已经系统地网罗了文献，你需要从前往后去过一遍，对整个领域有更深入的认识。你可以对最新的文献进一步认真阅读，看图片，看结果描述。这一轮的阅读你可以尝试以写综述的形式来进行，借助文献管理软件，插入引文，这样你的知识就会很系统了。读多了你就能快速抓住一篇文章的关键点。 能够去评判文章的工作。 这里没啥好教的，多读就好了，你会形成你自己的方法。

已经有基础，需要仔细阅读的文献也不多，很多新出的文献扫一眼就知道是否需要仔细阅读。需要仔细阅读的也可以只看图表就知道文献在说什么。可以和自己的研究做比较，有时更关注于方法部分。 到这个阶段，就不再需要我教你怎么阅读了。

总结出更为全面的检索式，这些检索式由关键词和逻辑符号(词)组成，可用于更新检索。
这时候可以通过注册NCBI，Google Scholar等网站，或者一些顶级杂志的，这些网站会定期将你设置的检索式搜索到的文献发送给你，这样你就能够收到最新的文章的标题和摘要。

总结起来，文献检索和阅读是相辅相成的，关键还是阅读量，阅读量上去了，英文能力也好了，对关注的领域也更了解了。而且自己也会培养起适合自己的体系。

1. How to (seriously) read a scientific paper；
2. How to read a scientific research paper；
3. Art of reading a journal article: Methodically and effectively；

这一节展示的是通过文献检索与阅读的方法来学习文献检索与阅读，这里列举出的一些连接，并不都是需要去认真阅读的，更不是都需要是遵照执行的。

现在我们要进行文献检索与阅读，那首先就可以利用这个意识，看看别人怎么做。从可用的搜索引擎（比如秘迹、百度、必应等等）开始：
(1) 如果感兴趣，可以从搜索“好用的搜索引擎”开始，自己找到一个可用而又好用的搜索引擎
(2) 先用“文献检索与阅读”作为关键词，快速过一下排在前边的一些网页或者一些图书馆的教程。

当然，没有必要过于在意别人文献检索与阅读的方法论，自己实践多了，就会有自己的体系。

很显然，检索和阅读是相辅相成的。在对检索结果的阅读中，能够有更广阔的检索思路或者更多的相关的检索词，因而能够促进新的检索过程获取更多甚至更有效的信息。
比如我们对检索得到的一些可能值得关注的资源进行快速阅读，获取可能有效的信息：

1. 豆瓣网页教你怎么阅读外文文献，废话比较多，一些东西以前就知道了，片刻浏览完成，其它网页的也都大体差不多，同样没有必要细看；
2. 来自中国科学技术大学的文献检索与阅读+论文选题，没发现太高明的，快速飘过；
3. 来自清华大学图书馆钱俊文老师的开题与立项前的文献调研概述，这个有很多启示，一些之前知道或不知道的，这里可以记下关键词，以免后边总结不完善：确定主题后的精调研——>确定题目之后的泛调研、综述——>研究论文、学位论文、高引用次数的文章、专利文献、文献找文献、检索词、CNKI翻译助手、检索式、通配符、数据库分析功能、文献管理；
4. 来自中科院的文献的检索与获取全文的途径和方法，这里提到检索(retrieve)≠查找(search,find),Select合适的数据库——> 精确Search文献——> 文献的Sort——>Systematize管理——>发现idea的Strategy，Google空格表示“与”、“-”表示“非”、“OR” 表示“或”、site:edu.cn、filetype:pdf、inurl:pdf、allinurl，正常时间比例：Search:Sort = 3:7, 文献代理，偏化学数据库，略过；
5. 来自福建农林大学图书馆的国内外主要文献检索工具及部分学术网站简介， 提到NSF关于查阅资料时间占51%的数据，检索方法：浏览法、追溯法、常规法。英国intute门户;各种资源网站介绍很丰富，但是我平时很少用那些也活过来了，快速略过；
6. 来自细胞生物学在线的医学文献检索 ， 干货不多，快速飘过 ；
7. 来自汕头大学谢芦青老师的文献综述与文献检索及统计分析，专业检索式值得关注，比较专业，可以一读。
8. NoteExpress文献管理软件，也正是我正在用的软件，可以使用集团版，也相当于是免费的，偶尔会提示不再IP范围要注册，但是也能继续使用。
   

这回通过上边的阅读，也知道了一些关键词，比如retrieve之类的。 用BING搜索“paper search”，得到Google Scholar、scinapse、Semantic Scholar、Microsoft Academic等等的专门用于学术搜索的网站。 搜索 “paper retrieve”并没有得到什么特别好资源。 可以自己再试试(reference OR paper) (search OR find OR retrieve) ， 然后加上filetype:pdf等等看看效果。

那么怎么读文献呢？ “scientific (reference OR paper) read” BING一下，有很多一看就是教大家怎么读学术文章的链接或者文件，比如：

1. How to read a scientific paper：除了说读文献有多难，我没读明白作者到底要说啥，看起来也没有什么硬货，似乎是在开玩笑，略过；
2. How to (seriously) read a scientific paper：极佳的材料，采访了很多牛人的经验，细读。总结起来就是根据不同的目的，有不同的读法，通常先看标题和摘要决定是否要继续读，然后对于有经验的人就看图和表，必要时候看方法是怎么来的，通过数据自己做出结论在看看作者的结果和讨论是否得当。有人边读边记以免反复阅读。当遇到问题的时候，可以上网搜索、阅读综述、书籍。有人倾向于第一时间搞清楚读不明白的地方，有的人先标记，最后再查。可以和身边的更有经验的人交流、甚至给作者写邮件来解决，值得精读；
3. How to Read a Scientific Article：AIMRD结构的介绍，介绍各个部分的特征。A.浏览并明了文章结构；B.鉴别关键点；C.提问并弄清自己的理解情况；D.推论；E.记笔记；
4. How to read a scientific research paper：很好的文献，值得精读 ；
5. Art of reading a journal article: Methodically and effectively，也值得精读；
6. 等等其它的很多链接

可以看到，这里已经出现了计划外的关键词，article，appraise，可以利用这些词语进行进一步的搜索，如此反复，最终就能够比较详尽。这里不再继续了，留给大家自己继续。

卖油翁

北宋 欧阳修

陈康肃公尧咨善射，当世无双 ，公亦以此自矜。尝射于家圃，有卖油翁释担而立，睨之，久而不去。见其发矢十中八九，但微颔之。

康肃问曰：”汝亦知射乎？吾射不亦精乎？”翁曰：”无他， 但手熟尔。”康肃忿然曰：”尔安敢轻吾射！”翁曰：”以我酌油知之。”乃取一葫芦置于地，以钱覆其口，徐以杓酌油沥之，自钱孔入，而钱不湿。因曰：”我亦无他，唯手熟尔。”康肃笑而遣之。

此与庄生所谓解牛斫轮者何异？

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