国家自然科学基金地区科学基金项目(31860292):基于单细胞测序及限时饲喂研究骨髓生物钟及概日节律
为了对小鼠昼夜节律进行监测,仿制了COMPASS1)2)3)系统,根据国内零件供应情况进行了一些改造,关键组成部分如下表:
| 电路板 | Main Unit | 顶视图: 底视图: | 由广西医科大学林伟龙老师进行了重新设计,可由嘉立创生产 |
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| RIP Unit | 顶视图: 底视图: |
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| XH2.54-4P双头端子线 | (图片引自淘宝网) 参考文献中用的是网线,这里改成了端子线,用于连接感应器电路板及UNO电路板 | 可在淘宝购买或定制 | |
| UNO R3开发板 | (图片引自淘宝网) UNO R3开发板 ATmega328P单片机改进版 | 可在淘宝购买 | |
| PIR运动传感器(松下AMN32111) | (图片引自淘宝网) | 这些元件与原文献一致,可在淘宝购买 | |
| 光敏电阻 | NSL-19M51【PHOTOCELL】 | ||
| 电阻等元件 | 1k欧姆、10k欧姆电阻等常备零件 | 更多细节可联系我们共同学习 | |
| 电脑 | 通过USB接口连接UNO单片机,收集及存储数据 | ||
| USB分线器 | 每个UNO板对应6个检测通道,USB分线器将多个UNO板接到同一台电脑,从而同时对多个通道进行数据收集 | ||
| UPS电源 | 电压不稳定或者会有断电情况的时候建议加个UPS电源,避免由断电引起的检测中断 | ||
| 尼龙柱与尼龙螺帽等 | 用于将感应器固定到鼠笼上 | ||
尚未发表,敬请后会。
项目执行过程中用到如下一些工具,在课题组建设过程中结合其他教学实践初步形成了一些教程(点击绿色字符可访问链接):
1. 服务器使用:基于GNU/Linux操作系统搭建了分析平台,计算节点为一台戴尔T640服务器,登录节点为一台电脑,课题组成员可远程链接使用;
2. Linux&Shell:数据处理及初步分析在Linux命令行进行;
3. AWK:AWK在Linux命令行下可以非常方便地用于fasta、gtf等文件的简单处理;
4. R语言:数据深入分析及可视化基于R语言;
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