RNA测序链特异信息

RNA测序根据建库过程是否能够保留原始RNA序列方向的信息，分为链特异RNA测序(Stranded RNA-seq)和非链特异RNA测序(Unstranded RNA-seq)。

Infer_experiment

猜测一个测序数据的链特异信息，可以使用RSeQC软件包的infer_experiment.py程序，结果表示方式如下：

测序策略	表示方法	意义	对应建库策略	结果判断
双端测序 (Pair-end, PE)	1++,1--,2+-,2-+	Read1比对到+链而源基因在+链, Read1比对到-链而源基因在-链, Read2比对到+链而源基因在-链, Read2比对到-链而源基因在+链	Second Strand Library (SF)	两种Reads比例接近，则为非链特异建库，如果本身是链特异建库的，则说明什么地方出错了。如果某一个比例远高于另一个，则说明是相应的建库策略。
双端测序 (Pair-end, PE)	1+-,1-+,2++,2--	Read1比对到+链而源基因在-链, Read1比对到+链而源基因在-链, Read2比对到+链而源基因在+链, Read2比对到-链而源基因在-链	First Strand Library (SR)
单端测序 (Single-end, SE)	++,--	Read比对到+链而源基因在+链, Read1比对到-链而源基因在-链	Second Strand Library (SF)	两种Reads比例接近，则为非链特异建库，如果本身是链特异建库的，则说明什么地方出错了。如果某一个比例远高于另一个，则说明是相应的建库策略。
单端测序 (Single-end, SE)	+-,-+	Read比对到+链而源基因在-链, Read1比对到-链而源基因在+链	First Strand Library (SR)

测序与建库策略	Infer Experiment	HISAT2 (--rna-strandness参数)	featureCounts (-s参数)	StringTie (选项)
PE-SF	1++,1--,2+-,2-+	FR	1 (stranded)	--fr
PE-SR	1+-,1-+,2++,2--	RF	2 (reversely stranded)	--rf
SE-SF	++,--	F	1 (stranded)	--fr
SE-SR	+-,-+	R	2 (reversely stranded)	--rf
PE/SE, Unstranded		default (unstranded)	0 (unstranded)	不设置

更多信息可参照rnabio.org网站¹⁾上的Strand Settings一节。

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¹⁾